生物技术系现有一层GMP中试车间、五层蛋白药物与研发中试车间、以及二层和三层专业实训室11间，二层和三层专业实训室包括创新实践实验室（211）、生物实验室（213）、基因工程实训室（214）、药物分析实训室（215）、生物分离实训室（216）、免疫制剂实训室（217）、细胞培养实训室（218）、天平室（327）、分析化学实验室（329）、生物化学实验室（330）和无机化学实验室（333）。承担着药品生物技术专业和生物产品检验检疫专业的课程教学、实践训练、技能大赛、校企合作、对外培训等工作任务。
一、GMP中试车间
北京电子科技职业学院GMP中试车间（Beijing Polytechnic GMP workshop, BPGMP），成立于2015年，位于北京亦庄经济技术开发区凉水河畔北京电子科技职业学院生物工程学院120室，是为科学研究、学科建设、科研教学、社会服务提供的公共服务平台，是药物制剂的研发、试生产车间，是培养高层次人才的培训和试验基地。
以车间为依托单位的科技平台有：北京经济技术开发区中试基地-化药制剂与蛋白质药物研发中试基地、北京石油化工学院实习实训基地、北京化工大学生命科学与技术学院实习实训基地、本校大学生创业实践基地。
